首先需要理清概念，北交所并没有独立的主板市场，日常大家所说的北交所标的，整体定位区别于沪深主板，核心特点是聚焦创新型中小企业、上市门槛具备包容性、交易制度波动更大，并且打通新三板形成递进式资本市场通道，和沪深主板形成错位互补的格局。很多投资者容易将沪深主板与北交所混为一谈，沪深主板面向大型成熟蓝筹企业，而北交所自设立之初，目标就是服务更早、更小、更新的专精特新中小科创企业，市场底层定位的差异，衍生出所有交易、上市、投资层面的不同特征。
北交所最鲜明的特点是上市准入机制更加多元包容，企业想要登陆北交所，前提是在新三板创新层挂牌满十二个月，同时设置四套并行的上市标准，不再单一看重持续盈利，兼顾盈利型、营收增长型、研发驱动型企业。这套标准能够接纳大量细分赛道的中小型制造、科技企业，不少上市公司属于细分领域隐形冠军，但整体营收、市值规模普遍小于沪深主板上市公司。与之配套的还有灵活的转板制度，符合条件的北交所企业，可以向上转板至科创板或者创业板，搭建起中小企业成长上升的通道，这也是沪深主板不具备的特色机制。
交易规则层面的差异，直接决定北交所的风险收益特征。北交所股票日常涨跌幅限制设置为30%，新股上市首日不设置涨跌幅，同时配套两级临时停牌机制，波动空间显著高于沪深主板10%的涨跌幅限制。在申报规则上，支持100股起买，后续可以1股递增，不同于沪深主板必须100股整数委托；市场还并行竞价交易与做市商交易模式，叠加15:00至15:30的盘后固定价格交易时段。另外个人投资者参与北交所交易存在硬性门槛，需要满足20个交易日日均资产50万元以及两年证券交易经验，沪深主板无资金门槛，两者投资者结构天然存在区别。
流动性分化明显，是北交所长期存在的显著特征，也是投资者需要重点留意的特点。沪深主板大盘蓝筹标的流动性充足，资金进出难度低；北交所上市公司体量偏小，市场资金总量有限，个股成交两极分化，头部标的交易活跃度稳定，大量中小市值个股日均成交额偏低，容易出现买入容易、兑现困难的情况。同时企业经营不确定性相对更高，中小企业抗周期能力弱于主板大型企业，行情更容易受到产业政策、订单变化影响，股价常常呈现脉冲式行情，普通投资者不能直接套用沪深主板长期持有的投资思路。
